در مورد وجه تسمیه ماخونیک با استناد به معتبرترین اسناد، باید گفت که نام قدیم ماخونیک "مادخونیک" بوده که از دو جزء "ماد" و "خونیک" تشکیل شده است. ماد نام قومی آریایی و خونیک نیز به معنی محل سرد و خنک است و در کل مادخونیک به معنی مکانی سرد است که قوم ماد در آنجا ساکن بودند.

در گذشته این روستا هیچ راه دسترسی به بیرون نداشت، اما در سال‌های اخیر برای دسترسی به این روستا قسمتی از کوه را شکاف داده‌اند تا جاده‌ای برای روستا بسازند. مهمترین ویژگی روستای ماخونیک بافت قدیم روستا است که در آن، خانه‌های محقر خشتی و گلی بدون حیاط و ایوان و پنجره و کیپ تا کیپ هم ساخته شده‌اند که هنوز بعد از گذشت سال‌ها برخی از اهالی در این خانه‌ها زندگی می‌کنند. این خانه‌ها شکل مشخصی ندارند و متناسب با ناهمواری‌های منطقه ایجاد شده‌اند. قرار گرفتن نصف بیشتر خانه در داخل زمین باعث شده که محیط داخل آن در تابستان بسیار خنک و در زمستان بسیار سرد باشد. تمام خانه‌های روستا به مسجد اصلی روستا که در وسط آن قرار دارد، راه دارند. در این روستا خانه‌ها در دامنه تپه و به صورت فشرده در گودی زمین ساخته شده‌اند.

مردمی با رسوم عجیب

آداب و رسوم مردم روستا از نحوه قضاوت تا روش کشاورزی و چگونگی تقسیم ارث کاملا متفاوت است و از زمان‌های دور تاکنون تقریبا ثابت باقی مانده‌اند. جالب است بدانید که مردم روستا تا ۵۰ سال پیش چای نمی‌نوشیدند، گوشت نمی‌خوردند و سیگار نمی‌کشیدند. ورود تلویزیون به این روستا ممنوع بود، چون آنان تماشای تلویزیون را گناه می‌دانستند و از آن به‌عنوان شیطان نام می‌بردند!

از ماخونیک تا مرز افغانستان در حدود نیم ساعت راه است و اهالی ماخونیک اصلیت افغانی دارند. آن‌ها در حدود سه چهار قرن پیش به این ناحیه آمده‌اند و اینجا را برای سکونت انتخاب کرده‌اند. ازدواج فامیلی میان کوتاه‌قدها و نوع تغذیه باعث شده که افراد روستای ماخونیک کوتاه قد باشند؛ ولی چند سالی می‌شود که با تغییر وضعیت، تغذیه اهالی و مصرف قرص و قطره آهن، نسل جدید بهتر شده اند. به علت دوری مردم این روستا از دیگر مناطق، تمامی مراسم‌های نامزدی، عروسی، اعیاد، مراسم دعا برای نزول باران و حتی جشن‌های سنتی و محلی آنان نیز تغییری نکرده است. مردم ماخونیک تا چند سال گذشته کفش‌های چوبی با لباس‌هایی از جنس کرباس می‌پوشیدند و از هرگونه اطلاعی درباره پیشرفت‌های بیرون از روستای خود، محروم بودند. اما خوشبختانه در سال‌های اخیر روستا دچار تغییر و تحولات عمده‌ای شده از جمله اینکه راه آسفالت شده و آب شرب، برق، خانه بهداشت، مدرسه ابتدایی، مکتب‌خانه، حمام و چندین مغازه از جمله خواروبار فروشی، قصابی، نانوایی، تعمیرگاه موتور و جوشکاری در این روستا راه‌اندازی شده است.

ماخونیک به جز روستا و مردمش که در نوع خود بسیار هم دیدنی هستند، جاذبه‌های زیاد دیگری هم دارد از جمله سنگ سیاه (سنگ نگاره) ماخونیک، بنای برج و قلعه، برج گل انجیر، منزل سرگردونی و نادر مرده. برای نمونه برج سنگی ماخونیک در طبقات بالای روستا ساخته شده، به طوری‌که به اطراف روستا اشراف دارد، از این برج برای دیده‌بانی استفاده می‌کردند تا در صورت حمله احتمالی دشمن، به همه اهالی روستا اطلاع دهند.